Le patrimoine naturel unique de Madagascar est sévèrement menacé de disparition. La forêt naturelle qui couvrait originellement la majeure partie de l’île disparaît très rapidement. Durant les dix dernières années, le taux de déforestation a diminué : il est passé de 0,83% par an en 1990-2000 à 0,53% par an pour la période 2000-2005. En 2005, on a estimé qu’il reste 9,4 millions d'hectares de forêts naturelles à Madagascar.

Par ailleurs, la déforestation laisse derrière elle des sols nus et fragiles. L’érosion qui s’ensuit est extrêmement importante, entraînant une dégradation importante des milieux lacustres, côtiers et marins qui par ailleurs sont déjà soumis à des fortes pressions de transformations à des fins agricoles et à une exploitation excessive.

La croissance démographique constitue un facteur d’aggravation sérieux pour la situation de l’environnement. En effet, le niveau de pauvreté de la population contraint les habitants à avoir recours aux ressources naturelles de façon destructrice en privilégiant le court terme au détriment d’une utilisation rationnelle qui revêt un caractère durable.